Năm 1989, Bệnh viện trở thành một bệnh viện đa khoa trẻ em hoàn chỉnh có cả hệ nội nhi và hệ ngoại nhi. Giám đốc bệnh viện là Bác sỹ Đặng Sỹ Hồng; Phó Giám đốc là Bác sỹ Nguyễn Kim Tiền, Bác sỹ Nguyễn Văn Thu.
Tháng 10- 1992, do điều kiện khó khăn, Sở Y tế quyết định chuyển các khoa hệ ngoại sang bệnh viện Việt Nam- Ba Lan.
Sau khi tách tỉnh Nghệ An và Hà Tĩnh, năm 1993, Bệnh viện Nhi chỉ còn hệ nội với 150 giường bệnh, trong khi đó nhu cầu khám chữa bệnh cho trẻ em trở thành vấn đề cấp thiết. Trước tình hình đó Bác sỹ Nguyễn Thị Phúc được điều về làm Giám đốc Bệnh viện. Phó Giám đốc là Bác sỹ Đặng Sỹ Hồng và Bác sỹ Dương Văn Lịch, Kỹ sư Lê Đình Tứ ( từ 1991- 2002).
Từ năm 2000 đến nay khoa Ngoại tái thành lập. Bệnh viện được nâng lên 200 giường. Tháng 6-2001, Bác sỹ Nguyễn Thị Phúc được điều về làm Chủ nhiệm Uỷ ban dân số gia đình và trẻ em tỉnh. Giám đốc bệnh viện là Bác sỹ Dương Công Hoạt; Phó Giám đốc là Bác sỹ Nguyễn Thị Minh Phương (từ 2002 đến nay), Bác sỹ Phan Văn Tư (từ 2005 đến nay). Năm 2007, Bệnh viện có 21 khoa phòng bộ phận và được nâng lên 220 giường.
Đội ngũ chuyên môn có 228 người. Trong đó, có 03 Thạc sỹ, 07 bác sỹ chuyên khoa II, 24 bác sỹ chuyên khoa I và dược sỹ chuyên khoa I, 23 bác sỹ, 123 y sỹ, điều dưỡng trung học và kỹ thuật viên, 05 Đại học khác, 19 hội lý, 24 cán bộ khác.
Bệnh viện Nhi Nghệ An được thành lập, là chuyên khoa hàng đầu của tỉnh về chăm sóc sức khoẻ cho các cháu. Ngoài ra, Bệnh viện còn chỉ đạo tuyến, kiện toàn chi hội nhi khoa cơ sở. Bệnh viện không ngừng đầu tư trang thiết bị, cơ sở vật chất, bồi dưỡng nâng cao trình độ đội ngũ làm công tác chuyên môn, không ngừng nâng cao chất lượng điều trị, đồng thời Bệnh viện còn đẩy mạnh công tác nghiên cứu và ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật.
